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Los Alfavirus y Flavivirus pueden causar enfermedad febril y, en algunos casos, enfermedad neurológica, tanto en seres humanos como en animales. Los virus Encefalitis Equina del Este y Encefalitis Equina Venezolana, Encefalitis Equina del Oeste y West Nile pueden utilizar aves silvestres como amplificadores en su ciclo epidemiológico. En Costa Rica existe un vacío epidemiológico en cuanto al conocimiento de los subtipos virales de Alfa- y Flavivirus circulantes y las aves involucradas en el ciclo.
Para determinar la presencia y caracterizar estos agentes, se muestrearon aves silvestres en zonas con reporte confirmado de casos clínicos de encefalitis en equinos. Se establecieron seis sitios de muestreo, caracterizados por ser zonas límites entre bosques y zonas agropecuarias.
Mediante el uso redes de niebla, colocadas en zonas de paso y bosques de galería, se recolectaron 100 individuos de 52 especies diferentes, principalmente Passeriformes. Muestras clínicas, colectadas de las aves capturadas, fueron inoculadas en cultivos de la línea celular C6/36, realizando un total de dos pasajes. Posteriormente, cada cultivo fue analizado mediante PCR para WNV, EEE, EEV, y se obtuvieron los siguientes resultados: VON (1/100), EEE (3/100), EEV (3/100), EEO (0/100). No se realizó más de un aislamiento en una misma especie, sugiriendo que la población que mantiene el virus en el ciclo silvestre es muy heterogénea. En contraste, los subtipos virales para cada agente, no difieren entre ellos y coinciden filogenéticamente con aislamientos realizados en la región mesoamericana.
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