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Se analizó la parte media de la cuenca del Río Jalponga desde el punto de vista microbiológico basándose en bacterias coliformes y de calidad biológica basándose en macroinvertebrados como indicadores de contaminación. El estudio se llevó a cabo en los meses de Febrero, Marzo y Abril del año 2007, realizando un muestreo por mes. Se estudiaron siete sitios de muestreo situados a lo largo del recorrido seleccionado del Río Jalponga. Se siguieron algunos criterios de el plan maestro de recursos hídricos (PLADMAR), como lo fue identificar para cada sitio de muestreo un centroide, que es el punto donde la mezcla de agua de esa zona es más homogénea y partiendo de este, diez metros río arriba y diez metros río abajo se ubicaron los subpuntos. Para cada sitio de muestreo se determinaron los parámetros físico-químicos de: Dureza, temperatura y velocidad; estos fueron determinados con propósitos de analizar la cuenca desde un punto de vista más estructural. Para determinar la concentración de coliformes totales, se encontraban en las zonas cercanas al sitio denominado Cloaca, el cual es la poza de sedimentación que recibe las descargas de origen doméstico de Santiago Nonualco. Para determinar la calidad biológica, se ocupó el índice Biological Monitoring Working Party B.M.W.P., el cual reveló que el río Jalponga no solamente es afectado por los efectos de contaminación antropogénica sino que su bajo nivel de calidad biológica puede estar relacionado con una contaminación residual o de origen natural.
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