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El estudio se llevó a cabo en el municipio de San Juan del Río Coco, en el período comprendido de mayo 2012 a febrero 2013, el cual tuvo como objetivo evaluar la calidad del agua superficial y el estado de los suelos en seis fincas cafetaleras ubicadas en las microcuencas del Río San Juan y Río El Bálsamo, conel fin de proponer alternativas de manejo, que contribuyan al uso sostenible de los recursos naturales. Para evaluar el agua superficial se utilizaron parámetros físico-químicos, bacteriológicos y biológicos (método del BMWP/Col), para generar la línea base como soporte a la toma de decisiones; además de realizar medición de caudales y los balances hídricos correspondientes para cada orden de suelo. En el monitoreo de las pérdidas de suelo por erosión hídrica se utilizó el método clavos y arandelas, para correlacionar los datos de perdida de suelo se evaluó el porcentaje de cobertura vegetal y se estudiaron las características edáficas. Los resultados indican que los caudales fueron mayores durante toda la etapa del estudio en la microcuenca del Río San Juan). Los parámetros físico-químicos muestran que el pH del agua es neutro a ligeramente alcalino, la conductividad eléctrica está entre los valores recomendados por las normas (CAPRE, 1994). Se identificaron un total de 2229 macro-invertebrados bentónicos, distribuidos en 34 familias taxonómicas. La clasificación biológica del agua resultó moderadamente contaminada. La presencia de coliformes fecales y totales, sobrepasan los límites permisibles dentro de las normas (CAPRE, 1994), fecales: negativos y totales: 4 NMP/100ml. En la finca Santa Gema es donde se dan las mayores pérdidas de suelo debido a las características físicas y pendientes escarpadas, mientras que en la finca La Consentida hubo un depósito de (1.2 mm de suelo). La mayor parte de las tierrasson de vocación forestal y están siendo utilizadas para ganadería extensiva con pastos naturales de bajo valor nutritivo. A pesar de que en los suelos se ha establecido el sistema agroforestal de café bajo sombra, se deben de combinar otras prácticas de conservación de suelo y agua
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